工商总局与税务总局多次联合发文明确企业注销应当出具清税证明，国家税务总局也曾单独发文明确出具清税证明的相关程序。
大部分税务机关已经按照税总局要求，为企业开具清税证明，但仍有一些地方税务机关以未登记为由不予出具清税证明，仅出具“未登记证明”，“税务事项通知书”等不规范文书。致使企业无法顺利注销。一些地方的工商登记机关出于服务企业的想法，也未坚持原则，错误地以不规范文书为企业注销，造成了很大的行政风险。
在企业清税和注销过程中，两部门应当对以下几点有清晰的认识：
一、违反文件规定办理会带来履职风险。
对工商登记机关来说。缺少“清税证明”办理注销是违反《材料规范》的原则性问题，基层登记机关无权对《材料规范》做出修改或擅自解释。对于税务机关来说。依据国家税务总局相关文件，企业领取一照一码营业执照后，无需再次进行税务登记。出具“未登记证明”，或以未登记的理由不予清税都是有违税总局要求的。
二、不存在“一照一码”的未登记企业。
改革实施后，多证已经合一，领取营业执照后即完成税务登记，不需要再次到税务机关办理登记。
三、依法受理清税是税务机关的义务。
税总函[2015]482号文件规定：已实行“三证合一、一照一码”登记模式的企业办理注销登记，须先向税务主管机关申报清税。企业可向国税、地税任何一方税务主管机关提出清税申报。清税完毕后由受理税务机关向纳税人统一出具《清税证明》。
四、应按既定的样式开具“清税证明”。
两总局联合发文的147号文规定，已实行“三证合一 一照一码”登记模式的企业办理注销登记，申请人应持税务机关出具的《清税证明》，向企业登记机关申请办理注销登记。
文件附件1规定了“清税证明”的样式如下。
五、符合简易注销条件的企业申请注销无需清税证明。
目前，简易注销已经广泛实施，各省也出台了相应的办法，对符合条件的企业注销可不需清税证明，这是简政放权，优化服务的一大进步。
但是，对不符合简易注销条件，没有自主申请简易注销的企业，工商机关和税务机关都应严格执行上级文件，不能简单的用“未登记证明”或“税务事项通知书”代替“清税证明”来完成注销登记，更不能免予提交。
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